Dicha institución agrupa alrededor de 30 cooperativas asociadas y en la actualidad 650 familias componen esta organización de pequeños productores rurales. Entre los primeros objetivos de FECOAGRO se encontraban, arrendar tierras, generar otro tipo de producción y capacitar a los obreros rurales y pequeños productores. Así fue como comenzaron en 1983 a producir algodón.
Posteriormente, la producción de semillas de hortalizas diversificadas fue el rubro que los definió como emprendimiento fuerte. No obstante, algunas de las cooperativas miembros de la federación también se dedican al trabajo de producción de dulces y conservas artesanales y al trabajo textil.
La herramienta elegida para la organización social y productiva fue, y sigue siendo, el cooperativismo: participación, democracia y, sobre todo, distribución equitativa del trabajo y la riqueza generada. Estos son los principios que sustentan el trabajo de la Federación sanjuanina.
Una de las acciones más relevantes de FECOAGRO es que promueven la venta directa de lo producido, porque así se logra que los excedentes queden en el lugar de producción y contribuyan a la capitalización de los agricultores, permitiéndoles acceder a la tierra, a las maquinarias y a la tecnología.