La Argentina cuenta con fuerza de submarinos desde 1933, cuando llegaron las primeras unidades de origen italiano. Desde esa fecha y hasta el presente el asiento de las naves está en la base naval de Mar del Plata, donde también funciona la escuela de esa especialidad. Hoy el país cuenta con tres unidades: el ARA Salta, ARA Santa Cruz y el ARA San Juan.
Como norma interna de la Armada Argentina los submarinos llevan el nombre de una provincia que comience con la letra "S". Es el cuarto buque que lleva este nombre en la Armada Argentina, en homenaje a la provincia argentina. Fueron sus antecesores:Destructor San Juan (1911), Hidrógrafo San Juan (1929) y Torpedero San Juan (1937).
El San Juan, que es intensamente buscado desde anoche, es alemán y se incorporó a la Armada Argentina en 1985. Tiene 66 metros de eslora (largo), desarrolla una velocidad de 25 nudos en inmersión y está configurado como submarino de ataque. Por otra parte, tiene una dotación es de 8 oficiales y 29 suboficiales y entre su tripulación se encuentra la primera oficial submarinista de la Armada Argentina.
En 2014 esta unidad completó en el complejo industrial CINAR del Ministerio de Defensa su reparación de media vida, durante la cual fue literalmente "partido al medio" y, entre otras tareas mayores, se procedió al recambio de la totalidad de sus casi 1000 baterías propulsoras.
Su propulsión es Diesel Eléctrica y cuando se encuentra en superficie su motor impulsa un generador eléctrico que carga los distintos bancos de baterías con los que se propulsa la nave cuando navega en la profundidad.
Actualmente, junto a otros componentes de la Armada, realiza tareas de patrullaje marítimo en defensa del patrimonio marítimo nacional, en especial el control de la pesca ilegal.
